De banor som får höjda avgifter är de som mest trafikeras av den regionala tågtrafiken. Eftersom avgiftshöjningen inte kopplas till satsningar i underhåll och investeringar på dessa banor innebär det i praktiken att avgiftshöjningen går till satsningar på de nationella stambanorna, och därmed gynnar främst de långväga tågsystemen i kommersiell regi. Förslaget saknar helt en konsekvensbeskrivning av vilka effekter som kan uppstå i olika led och Svensk Kollektivtrafik avstyrker därför denna del av förändringen för JNB 2021.