Identitetskontrollerna kommer att leda till längre restider och ökad risk för förseningar och färre avgångar, främst för tågtrafiken över Öresund. Effekten kommer bli minskat kollektivtrafikresande och lägre biljettintäkter för berörda regionala kollektivtrafikmyndigheter, framförallt för Öresundståg. Dessutom kommer omfattande anpassningar av tåg- och busstrafiken och sannolikt även rekrytering av personal för att kontrollerna ska kunna genomföras. I berörda regioner kommer skatteintäkterna från arbetsinkomster minska enligt departementet. Om regeringen ändå väljer att gå vidare med förslaget anser Svensk Kollektivtrafik att staten måste kompensera berörda regionala kollektivtrafikmyndigheter för de ökade kostnaderna.
Svensk Kollektivtrafik efterlyser även en rad preciseringar av förslaget: Vad avses med transportör? Hur ska transportörer som kör regional kollektivtrafik kunna bevisa att identitetskontroller har gjorts för att undvika 50 000 kr i sanktionsavgift per tur? Hur ska personer som saknar id-handlingar hanteras vid kontroll under färd? Hur ska ensamkommande barn hanteras?