Svensk Kollektivtrafiks högsta beslutande organ är årsstämman, som utser föreningens styrelse och lekmannarevisorer. Styrelsen och lekmannarevisorerna utses bland de politiskt valda styrelserna hos aktiva medlemmar. Styrelsen utser verkställande direktör som leder föreningens arbete, vilket till största delen utförs av Svensk Kollektivtrafik Service AB.
Verksamheten finansieras genom medlems- och serviceavgifter och genom egna intäkter i form av deltagaravgifter för konferenser. Vi är också externt finansierade inom olika projekt.